A missão da FAEB é representar, organizar e fortalecer o produtor rural baiano defender seus direitos e interesses, promovendo o desenvolvimento econômico, social e ambiental do setor agropecuário.

A FAEB está na Internet para disponibilizar aos Produtores Rurais e Sindicatos Associados, não somente informações pertinentes à Instituição, na condição de interlocutora da categoria legalmente constituída e reconhecida pela Constituição Brasileira, mas também sobre todo o ambiente do agronegócio, tais como: Tecnologia Agropecuária, Mercado e Cotações, Cursos e Treinamentos, Boletins Metereológicos, dentre outras. Instituição privada mantida pelos produtores rurais da Bahia, a FAEB é entidade sindical de grau superior, com sede e foro na cidade de Salvador. Faz parte do Sistema Sindical Rural e está integrada à Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil – CNA, que congrega todas as Federações Estaduais e está sediada em Brasília.

A FAEB está convencida de que somente com a organização política do produtor haverá força para assimilar, modificar e conviver com os novos paradigmas impostos pela economia global. É constituída por mais de uma centena de sindicatos sediados em diversos municípios e reconhecida por Carta Sindical de 30 de dezembro de 1965, conforme a Lei 4.214 de 02 de março de 1963. O sindicato é, portanto, o órgão de defesa da classe em termos municipais ou regionais, enquanto a CNA é o órgão máximo de representação no âmbito federal e internacional.

A sua principal fonte de recursos é a Contribuição Sindical cobrada diretamente através da CNA, como estabelece a Consolidação das Leis do Trabalho- CLT, artigos 578 à 591.

Entre seus objetivos estão organizar e defender os direitos do produtor rural; viabilizar soluções em defesa dos Direitos dos Produtores Rurais; promover uma maior eficiência para o desenvolvimento de um agronegócio competitivo na economia globalizada; viabilizar soluções para o fortalecimento dos Sindicatos Rurais; intercambiar parcerias dos Sindicatos Rurais com Instituições Públicas e Privadas em prol da sustentabilidade do agronegócio; e promover eventos de conhecimento e transferência de tecnologias para os produtores rurais. Sua estrutura é composta de um Conselho de Representantes, que tem poder soberano na Federação e é formado pelos delegados dos sindicatos regularmente filiados.

Já a Diretoria, composta de dirigentes de todas as regiões do estado, é eleita pelos sindicatos regularmente filiados, para um período de 04 anos. Tem ainda o Conselho Fiscal, encarregado de examinar e acompanhar o movimento econômico-financeiro da entidade. É composto de 03 membros eleitos juntamente com a Diretoria da Federação com igual mandato. Existem 3 suplentes, para substituírem ou sucederem os membros titulares.